1454年，也先被暗杀。瓦剌不久进入了内乱，再也没有恢复以前的辉煌。重新显现黄金家族的复辟也先死后，瓦剌发生内讧。蒙古宗室毛里孩驱逐瓦剌西迁，拥立脱脱不花子马儿可儿吉思为汗，黄金家族重新恢复统治。但是，这并没有带来往日的辉煌，接踵而来的是不断的内讧。直到1465年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗打败了弑君者，才结束了内乱。他在位期间，强化汗权，为蒙古中兴奠定了基础。 1469年，其在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，可怜地仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个很了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。后来满都海赛音可敦率领军队打败了瓦剌人，将他们彻底赶出了蒙古高原中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。

 

达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1517年整整47年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人（又称朵颜三卫）的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明北部地区进行了攻击，使得明无法与卫拉特人联系。虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点－－实行瓜分家族遗产的习惯法。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似后来联邦式的民族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权利，但处于相当的独立状态。随着时间的流逝、推移，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的通古斯人（满族）都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺，因此，结束蒙古帝国历史的，只能是通古斯人建立的后金了。